潔凈室概念源于18世紀六十年代的歐洲醫學，當時僅限于噴灑消毒后可以控制創傷部位的感染率的處置室、手術室一類的滅菌處理的工作環境。
二戰期間，美國生產的飛機導航用氣浮陀螺儀。
50年代初朝鮮半島戰爭期間，電子零部件質量不穩定，美國封閉生產車間，成效微小。
1951年成功研制高效空氣過濾器，應用于生產車間的送風過濾，真正誕生了潔凈室。
1961年懷特菲爾特提出層流（現在的單向流）方案，應用于實際工程，潔凈室達到前所未有的更高潔凈級別；同年美國頒發了第一個潔凈室標準，1963年將潔凈室劃分為三個級別。
上世紀六二年代中期，潔凈室應用于軍事工業、電子、光學、微型軸承等工業部門得到推廣。
七十年代初潔凈室建設重點轉向醫療、制藥、食品等行業
